Засноване село близько 1629 року як Митки, «…село, що новозаселяється», тобто, були незадовго перед тим «осаджені» (засновані) на землях, що належали кам’янецькій старостині (вдові старости Кам’янецького староства) Олені-Ельжбеті — Струсь-Калиновській при місці, де сходилися два шляхи — з півночі на південь та з заходу на схід.

Назва походить від імені Дмитро (у XVI столітті землі тут тримав козак Дмитро Звенигородець), чи, ймовірно, від назви річки Митки.

Воно розташоване в місцевості, рельєф якої оперезаний численними ярами та виярками, серед яких здавна існує низка штучних ставків із греблями, що, сполучаючись на південно-східній околиці села, дають початок річці, яка Початково мала назви Івань, Лить-Литка, Митка-Митва. Пізніше виник іще один її варіант — Кищиха. Потікаючи через район, вона впадає за двадцять кілометрів у Гірський Тікич.

У 30-х роках XVII століття це поселення було містечком Маньківської сотні Уманьського полку й називалася Кищинці, а з 20-х років минулого століття — Кищенці.

У 1643 році орендарями Кищенців на чотири роки Краєзнавець стали родини польських землевласників Гороймів та Пекулицьких.

Влітку 1647 року вінницький шляхтич Геліяш Пекулицькии вдруге уклав угоду про оренду Кищенців на чотирирічний термін із їх власником — Марціном Калиновським за вісім тисяч злотих.

У 1648 році, під час розгортання загальнонаціонального повстання, кищенецький маєток було з допомогою заїжджих козаків захоплено та пограбовано місцевими жителями, а його управителів вигнано.

З березня 1650 року шляхтич Геліяш Пекулецький отримав од гетьмана Богдана Хмельницького «владітельную грамоту» на володіння містечком Кищинці.

Зазнало поселення нападу татар у грудні 1653 року, а в лютому 1655 його зруйнувало об’єднане польсько-татарське військо.

16 грудня 1654 року Якову Пекулицькому(синові Геліяша) — козаку Війська Запорожського — було надано царську грамоту, у якій, на підставі її Кищенці перейшли в його власність на п’ять років.
Від часу заснування поселення перебувало ще у володінні Ельжбети Струсь-Калиновської, по її смерті (з 1638 і до середини 1648 року) — Марияна Калиновського, які його багаторазово передавали в утримання кільком шляхтичам, певно, для того, аби погасити перед ними свої борги.

Потому — у складі Маньківської сотні Уманського козацького полку. З 1655 до 1715 року доля невідома, очевидно, воно належало Маньківській сотні.

У 1716 році згадане як «пусте село». Із 1726 року ним володіли Потоцькі (до 1831 року). З 1834 по 1863 роки — це військове поселення першої волості другого округу Києво-Подільських військових поселень.

Місцева парафія на честь Покрови Пресвятої Богородиці починає свій родовід від церкви, яка існувала в містечку із середини XVII століття. Проте в 20-30 роках XVII століття на її місці була греко-католицька капличка «під стріхою». Там у 1741 році й постала церква. Тривалий час, протягом кількох поколінь, тут, на греко-католицькій парафії, служили представники священичої родини Нелиповичів. На початку 1790-х років у селі зведено церкву Покрови замість старої, яка простояла до 1935 року; її зруйновано в 30-х роках XX століття за наказом більшовицької влади.

Протягом більш ніж чверть століття від часу заснування, Кищенцям у поріччі Гірського Тікича, судилося стати ареною багатьох подій: у 30 — 40-х роках XVII століття його кількаразово брали в оренду спритні шляхтичі, а з початком українського визвольного руху в 1648 році місцевий панський маєток було розгромлено кищинчанами за підтримки козаків із війська Богдана Хмельницького.

У 1649 році в містечку налічувалось близько 70 козаків, частина з яких поклала голови у молдавському поході в 1653 році, а частина — за рік до того, під час нападу татар на Кищенці. На початку 1655 року сельчани зазнали нищівного удару від карального походу польсько-татарського війська, що верталося з-під Ахматова: відтоді Кищенці змогли відродитися, як поселення, лише через сто років.

На карті французького інженера-мандрівника Гійома Левассера де Боплана 1648 року Кищенці позначені як «новий город». У 1728 (за іншими джерелами — 1741) році тут зведено церкву Покрови Божої Матері й освячено православним протопопом Іваном Снятовичем. У 1775 році в селі налічувалося 197 дворів та хат.

У 1864 році Лаврентій Похилевич занотував про це поселення так: «Кищенці, село в 30-ти верстах от Умани, близ дороги из зтого города в Ставища, на половине расстояния между селами Цыбермановкою и Вороним. Село расположено при вершинах ручья соединяющегося за урочищем Монастыркой с рекою Маньковкою. Жителей обоего пола 1602.

В 3-х верстах от села в лесу находится образцовая пасека и училище пчеловодства для воєнних поселян. Церковь Покровская, деревянная, построена в 1798 года; земли имеет 35 десятин. В жалованье причту отпускается 194 рубля».

У 1905 році село Кищенці відносилося до Маньківської волості Уманського повіту Київської губернії, у землекористуванні населення знаходилося 3542 десятини; на той час у селі було 633 двори.
У 1950-х роках на околиці села виявлено п’ять курганів.

В урочищі Шпиль неподалік села, що розташоване на місці злиття двох безіменних річечок у напрямку Харківки, виявлено сліди поселення трипільської культури раннього періоду: на поверхні землі виявлено близько десяти плям глинянобитних майданчиків із шматками перепаленої глини, уламками глиняного посуду з вдавленим спіральним орнаментом та глиняне грузило.

В урочищі Попове в напрямку села Хижні знаходять уламки глиняного посуду періоду чернігівської культури. Свого часу знайдено залізний спис часів Київської Русі довжиною 13,2 сантиметра з лезом до 9 сантиметрів.

В урочищі Жидівчик викопано кістяне долото розміром 9 на 2,5 сантиметра: знахідку передано до Уманського краєзнавчого музею.

На 1 січня 2005 року в Кищенцях проживало 890 чоловік.